В соответствии с пунктом 5.5 Договора "Стороны признают равную юридическую силу собственноручной подписи и факсимильной подписи на <...> на счетах и актах предоставленных Исполнителем Заказчику при исполнении условий Договора.".
В соответствии с п.1 ст.160 ГК РФ после подписания данного договора факсимильная подпись на счетах и актах является легитимной и не противоречит законодательству РФ.
Ваша бухгалтерия может применять оформленные таким образом акты для учета без каких-либо ограничений.