Используйте настройку "Игнорировать URL при проверке" - укажите один или несколько адресов, которые нужно не учитывать при проверке уникальности:
Внимание! Из проверки будет исключена только одна страница с указанным URL и протоколом, например:
domain.com/cat/ - только страница категории.
domain.com/cat/index.html - только страница index.html.
http://domain.com - только страница с http://, а страницы с https:// или ftp:// игнорироваться не будут.
-------
Чтобы исключить из проверки весь сайт или определенный его раздел (поддомен), используйте шаблоны:
domain.com или domain.com/* - будут игнорироваться все страницы указанного домена, а также поддомена с www;
*.domain.com/* - будут игнорироваться все страницы всех поддоменов, но не самого домена;
*/category/* - будут игнорироваться страницы всех сайтов, URL которых содержит /category/