Это просто означает, что в работе есть ошибки, которые не нашли ни Вы, ни программы. Не мучайте термины – если вам пишут про пунктуационные ошибки, ищите только лишние или недостающие знаки препинания.

Найти ошибку в тексте, который не видишь, нереально. Поэтому я могу помочь Вам только советами, где именно ее, эту вредину, можно попробовать поискать. Вот несколько самых распространенных примеров; сравните со своим текстом, может, есть что-то похожее?

Типичные примеры «лишних» запятых, не определяемых программами.

Мне вроде бы, об этом говорили.
Он все же, позвонил на наш номер.
(Проверьте вообще все конструкции с «бы» и «же» - тут много подводных камней).

Фирма процветает, благодаря грамотной ценовой политике.
Принимая во внимание, все вышесказанное.
(Еще пара каверз – «благодаря» и «принимая во внимание» обычно так и норовят выделить запятыми.)

Наша компания, является главным поставщиком продукции.
На нашем производстве, установлено новейшее оборудование.
Вчера, мы напечатали новую листовку.
(Неправильное обособление «кто, где, когда» - очень частая ошибка в текстах).

Мы выпускаем станки. И, делаем это хорошо.
Не повышая цены, а, только понижая их.
Мы будем повышать цены, но, на это у нас есть веская причина.
(Ненужные запятые после союзов – проверьте все знаки препинания после «и», «а», «но» и т.п.)

Продукция была, такой как им хотелось.
Правильно: Продукция была такой, как им хотелось.
(Проверьте вообще все конструкции с «как» - тут масса разнообразных правил и исключений из них).

Позвонивший в офис компании, клиент получит консультацию.
Сделанная с браком, продукция была изъята из обращения.
(Правила расстановки запятых в предложениях с причастиями и причастными оборотами надо учить, как таблицу умножения). Но: Вовремя позвонивший, он получил консультацию. Но: Продукция, сделанная с браком, была изъята из обращения.

Они пришли на консультацию, и начали разговаривать.
Платок был белоснежный, и пушистый.
Награду вручили заводу, и фабрике.
(Неправомерное обособление однородных членов простого предложения – сказуемых, определений, дополнений, соединенных союзом «и»). Но: Молодые люди пришли на консультацию, и девушки начали разговаривать (сложносочиненное предложение). Награду вручили и заводу, и фабрике (перечисление).

Вариантов с отсутствующими «нужными» запятыми придумалось меньше:

Об этом конечно стоит помнить. – Об этом, конечно, стоит помнить.
Скажи ему, может он послушается. – Скажи ему, может, он послушается.
Проезжая по улице он увидел ее. – Проезжая по улице, он увидел ее.

Почему пишется так, а не этак, посмотрите в правилах русского языка.

Если скопировать все вышеприведенные примеры, скажем, в Word – он не увидит и не подчеркнет ошибки. Кстати, стопроцентно полагаться на Word в пунктуации вообще не советую: очень часто он подчеркивает оборот, вполне имеющий место быть; не слишком подкованный в пунктуации копирайтер решает вопрос постановкой запятой – и возникает серьезная ошибка.

Удачи в работе!